Informacja o cookies

Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.

borsnip

Inferencja asocjacji w danych GWAS metodą Boruta z wykorzystaniem paproci losowych.


Status:   Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana.  Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.  Dla aplikacji albo podrzędnej wersji lub instancji zaplanowany jest przestój.

Nazwa modułu: plgrid/apps/borsnip

Stan aplikacji: Dostępna

Testowana: Nie

Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014

Dziedziny: Bioinformatyka, Biologia Molekularna

Licencja: GPL3

Opiekun: Tak


  • ← poprzednia
  • strona 1 z 1
  • następna →
1 element
Wersja Szczegóły Status
0.1 Moduł: plgrid/apps/borsnip/0.1
Stan: Nietestowana Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Nie Opiekun: Tak
  • ← poprzednia
 
 z 1
  • następna →

Krótka instrukcja (wkrótce zostanie rozbudowana)

Pierwszym krokiem jest konwersja danych GWAS na format bsi natywny i zrozumiały dla narzędzia borsnip; służą do tego programy pomocnicze plink2bsi i gen2bsi które akceptują binary plikozbiór narzędzia Plink (trójka .bed .bim i .fam) oraz format GEN (.gen). Dane rozbite na podzbiory (np. oddzielnie chromosomy albo oddzielnie obiekty z różnych grup) należy wcześniej połączyć korzystając z innego narzędzia.

Decyzję należy zachować oddzielnie, jako plik tekstowy z klasami zakodowanymi jako liczby od 0..(#klas-1), po jednej na linię. Połączenie z danymi genomicznymi odbywa się na zasadzie wspólnej kolejności.

W zasadniczym zadaniu należy zamieścić wywołanie głównego programu, borsnip. Wywołanie go z parametrem -h wyświetli listę dostępnych opcji.

Status monitoringu

Aby zobaczyć wyniki monitorowania aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Moduły domyślne w ścieżkach

Aby zobaczyć listę domyślnych modułów aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Przypadki użycia

Brak przypadków użycia

Ostatnie wiadomości

Brak wiadomości do wyświetlenia!