Informacja o cookies

Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.

Gaussian

Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów umożliwiających obliczenia parametrów układów molekularnych przy użyciu metod chemii kwantowej oraz mechaniki i dynamiki molekularnej. Gaussian umożliwia przeprowadzanie obliczeń tak przy użyciu przy użyciu metod ab initio jak i półempirycznych. Obliczenia mogą być prowadzone na układach w stanie gazowym lub roztworach, w stanie podstawowym lub stanie wzbudzonym.


Status:   Aplikacja dostępna częściowo – nie wszystkie wersje działają poprawnie. Działające wersje 5/8. Działające klastry 5/7.  Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.

Nazwa modułu: plgrid/apps/gaussian

Stan aplikacji: Dostępna

Testowana: Tak

Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014

Dziedziny: Chemia, Chemia kwantowa, Mechanika molekularna

Producent: Gaussian, Inc.

Adres strony: http://www.gaussian.com/

Opiekun: Tak


  • ← poprzednia
  • strona 1 z 1
  • następna →
8 elementów
Wersja Szczegóły Status
g03.E.01 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g03.E.01
Stan: Niedostępna Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09
Stan: Niedostępna Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09.A.02 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09.A.02
Stan: Dostępna Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09.B.01 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09.B.01
Stan: Problemy Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09.C.01 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09.C.01
Stan: Problemy Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09.D.01 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09.D.01
Stan: Problemy Data wydania: 1 grudnia 2014 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g09.E.01 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g09.E.01
Stan: Problemy Data wydania: 21 marca 2016 Testowana: Tak Opiekun: Tak
g16.A.03 Moduł: plgrid/apps/gaussian/g16.A.03
Stan: Niedostępna Data wydania: 13 stycznia 2017 Testowana: Tak Opiekun: Tak
  • ← poprzednia
 
 z 1
  • następna →

Ogólne informacje o oprogramowaniu

  • Gaussian zainstalowany na klastrach PLGrid działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.
  • Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.
  • Zmienna środowiskowa $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.
  • Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.

Odnośniki do dokumentacji


Skrypty obliczeniowe

SLURM

#!/bin/env bash
##### Amount of nodes requested by job
#SBATCH --nodes=1
##### Amount of cores per task
#SBATCH --cpus-per-task=24
##### Wall time requested by job
#SBATCH --time=15:00
##### Max amount of RAM requested by job
#SBATCH --mem=4gb
##### Partition name
#SBATCH -p plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#SBATCH --job-name=gaussian.parallel
##### Name of computational grant used
#SBATCH -A <computational grant name>

echo "Computation started on work node: "; hostname

# Set environment for default version of Gaussian
module add plgrid/apps/gaussian

# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# Commands to start computations
g09 input.gjf

# Erase scratch direcory used during computations
rm -rf $GAUSS_SCRDIR

PBS

#!/bin/env bash
##### Max amount of RAM requested by job 
#PBS -l mem=4gb
##### Amount of nodes=x:cores=y requested by job (use only one node for Gaussian)
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Wall time requested by job
#PBS -l walltime=15:00
##### Queue name
#PBS -q plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#PBS -N g09.parallel
##### Name of computational grant used
#PBS -A <computational grant name>

echo "Computation started on work node: "; hostname

# Set environment for default version of Gaussian
module add plgrid/apps/gaussian

# Changing directory to one from which PBS script was stated (where inputs should be stored)
cd $PBS_O_WORKDIR

# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# Commands to start computations
g09 input.gjf

# Erase scratch direcory used during computations
rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Często spotykane błędy

"Atomic number out of range for <basis set name> basis"

Baza funkcyjna <basis set name> nie jest zparametryzowana dla częsci atomów zadanych w geometrii pliku wejściowego. Listę atomów dla bazy można sprawdzić na stronie http://gaussian.com/g_tech/g_ur/m_basis_sets.htm lub https://bse.pnl.gov/bse/portal. Dodatkowe funkcje bazy można dodać do pliku wejściowego słowem kluczowym ExtraBasis (http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_extrabasis.htm) lub budując bazę od początku słowem kluczowym Gen (http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_gen.htm).

Więcej błędów i ich przyczyn opisane jest na stronie https://www.ace-net.ca/wiki/Gaussian_Error_Messages


Porady

Domyślna lokalizacja plików Read-Write: 

Jeżeli w pliku z danymi wejściowymi nie było dyrektywy %RWF= to plik Read-Write znajduje się w trakcie trwania zadania w katalogu na pliki tymczasowe zdefiniowanym przez zmienną $GAUSS_SCRDIR. Jego nazwa jest automatycznie tworzona i ma format Gau-PID (np. Gau-22403.rwf), gdzie PID to numer głównego procesu Gaussiana uruchomionego w trakcie obliczeń, który jest różny dla różnych obliczeń. Obie te wartości można zobaczyć na początku pliku z logiem zadania:

Initial command:
//g09/l1.exe "/scratch/chem/Gau-22066.inp" -scrdir="/net/scratch/people/plgkowalski"  
Entering Link 1 = /g09/l1.exe PID=    22403. 

gdzie katalog na pliki tymczasowe używany w zadaniu znajduje się po -scrdir, a numer procesu (PID) jest podany linijkę niżej.

Pliki restartowe

Plik potrzebny do reststartów przyjmuje nazwę podaną w dyrektywie %CHK= na początku pliku z danymi wejściowymi. Jest to plik binarny, zatem może nie zostać odczytany poprawnie na innej maszynie niż ta, na której prowadzone były obliczenia. Przeniesienie takiego pliku na inną maszynę (np. w celu wizualizacji orbitali lub restartu obliczeń na innym klastrze) umożliwia tzw. formatowany plik checkpoint, który można przygotować poleceniem formchk:

formchk checkpoint.chk checkpoint.fchk

Więcej informacji znajduje się na stronie: http://gaussian.com/g_tech/g_ur/u_formchk.htm

Status monitoringu

Aby zobaczyć wyniki monitorowania aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Moduły domyślne w ścieżkach

Aby zobaczyć listę domyślnych modułów aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Przypadki użycia

Brak przypadków użycia

Ostatnie wiadomości