Informacja o cookies

Ogólne informacje o oprogramowaniu

• Gaussian zainstalowany na klastrach PLGrid działa jedynie w obrębie jednego węzła obliczeniowego ze współdzieloną pamięcią.

• Podstawowe informacje dotyczące wydajności zostały zebrane na stronie producenta http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm. W szczególności znajdują się tam oszacowania wymaganej do obliczeń pamięci. Użycie zbyt dużej ilości pamięci może wręcz spowolnić obliczenia. Dodatkowo do oszacowania ilości pamięci potrzebnej do obliczeń częstości służy program feqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/u_freqmem.htm). Opis innych użytecznych dodatkowych narzędzi znajduje się na stronie http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm.

• Dla obliczeń generujących duże pliki (po kilkanaście-kilkadziesiąt GB) zawierające m.in. całki dwuelektronowe zalecamy zastosowanie trybu Direct, w który potrzebne całki doliczane są na bieżąco a nie składowane w pliku. Tryb ten ustawia się podając jako słowo kluczowe SCF=Direct w pliku wejściowym definującym obliczenia.

• Zmienna środowiskowa $GAUSS_SCRDIR ustawia ścieżkę, w której będą zapisywane pliki tymczasowe. Zalecamy ustawianie jej na szybki zasób dyskowy.

• Uwaga: Liczbę procesorów specyfikujemy podając %NProcShared w wejściowym pliku definującym obliczenia.

Odnośniki do dokumentacji

• Strona z oficjalną dokumentacją: http://gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
• Strona z oficjalnym F&Q: http://gaussian.com/g_blog/1.htm

Skrypty obliczeniowe

SLURM

#!/bin/env bash
##### Amount of nodes requested by job
#SBATCH --nodes=1
##### Amount of cores per task
#SBATCH --cpus-per-task=24
##### Wall time requested by job
#SBATCH --time=15:00
##### Max amount of RAM requested by job
#SBATCH --mem=4gb
##### Partition name
#SBATCH -p plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#SBATCH --job-name=gaussian.parallel
##### Name of computational grant used
#SBATCH -A <computational grant name>

echo "Computation started on work node: "; hostname

# Set environment for default version of Gaussian
module add plgrid/apps/gaussian

# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# Commands to start computations
g09 input.gjf

# Erase scratch direcory used during computations
rm -rf $GAUSS_SCRDIR

PBS

#!/bin/env bash
##### Max amount of RAM requested by job 
#PBS -l mem=4gb
##### Amount of nodes=x:cores=y requested by job (use only one node for Gaussian)
#PBS -l nodes=1:ppn=12
##### Wall time requested by job
#PBS -l walltime=15:00
##### Queue name
#PBS -q plgrid-testing
##### Name of job in queuing system
#PBS -N g09.parallel
##### Name of computational grant used
#PBS -A <computational grant name>

echo "Computation started on work node: "; hostname

# Set environment for default version of Gaussian
module add plgrid/apps/gaussian

# Changing directory to one from which PBS script was stated (where inputs should be stored)
cd $PBS_O_WORKDIR

# Information about temporary scratch directory
echo "Temporary files stored in" $GAUSS_SCRDIR

# Commands to start computations
g09 input.gjf

# Erase scratch direcory used during computations
rm -rf $GAUSS_SCRDIR

Często spotykane błędy

"Atomic number out of range for <basis set name> basis"

Baza funkcyjna <basis set name> nie jest zparametryzowana dla częsci atomów zadanych w geometrii pliku wejściowego. Listę atomów dla bazy można sprawdzić na stronie http://gaussian.com/g_tech/g_ur/m_basis_sets.htm lub https://bse.pnl.gov/bse/portal. Dodatkowe funkcje bazy można dodać do pliku wejściowego słowem kluczowym ExtraBasis (http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_extrabasis.htm) lub budując bazę od początku słowem kluczowym Gen (http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_gen.htm).

Więcej błędów i ich przyczyn opisane jest na stronie https://www.ace-net.ca/wiki/Gaussian_Error_Messages

Porady

Domyślna lokalizacja plików Read-Write: 

Jeżeli w pliku z danymi wejściowymi nie było dyrektywy %RWF= to plik Read-Write znajduje się w trakcie trwania zadania w katalogu na pliki tymczasowe zdefiniowanym przez zmienną $GAUSS_SCRDIR. Jego nazwa jest automatycznie tworzona i ma format Gau-PID (np. Gau-22403.rwf), gdzie PID to numer głównego procesu Gaussiana uruchomionego w trakcie obliczeń, który jest różny dla różnych obliczeń. Obie te wartości można zobaczyć na początku pliku z logiem zadania:

Initial command:
//g09/l1.exe "/scratch/chem/Gau-22066.inp" -scrdir="/net/scratch/people/plgkowalski"  
Entering Link 1 = /g09/l1.exe PID=    22403. 

gdzie katalog na pliki tymczasowe używany w zadaniu znajduje się po -scrdir, a numer procesu (PID) jest podany linijkę niżej.

Pliki restartowe

Plik potrzebny do reststartów przyjmuje nazwę podaną w dyrektywie %CHK= na początku pliku z danymi wejściowymi. Jest to plik binarny, zatem może nie zostać odczytany poprawnie na innej maszynie niż ta, na której prowadzone były obliczenia. Przeniesienie takiego pliku na inną maszynę (np. w celu wizualizacji orbitali lub restartu obliczeń na innym klastrze) umożliwia tzw. formatowany plik checkpoint, który można przygotować poleceniem formchk:

formchk checkpoint.chk checkpoint.fchk

Więcej informacji znajduje się na stronie: http://gaussian.com/g_tech/g_ur/u_formchk.htm