Informacja o cookies

Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.

molpro

Pakiet do obliczeń kwantowo-chemicznych, umożliwiający badanie struktury elektronowej układów molekularnych za pomocą rozmaitych metod ab initio.


Status:   Aplikacja dostępna częściowo – nie wszystkie wersje działają poprawnie. Działające wersje 6/8. Działające klastry 3/3.  Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.

Nazwa modułu: plgrid/apps/molpro

Stan aplikacji: Dostępna

Testowana: Tak

Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014

Dziedziny: Chemia, Chemia kwantowa

Licencja: Płatna licencja do zastosowań niekomercyjnych

Producent: Uniwersytet Cardiff

Adres strony: http://www.molpro.net/

Opiekun: Tak


← Inne wersje

2015.1.11

Status:   Aplikacja dostępna produkcyjnie i działająca poprawnie. Działające instancje 1/1.  Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.

Nazwa modułu: plgrid/apps/molpro/2015.1.11

Stan wersji: Dostępna

Testowana: Tak

Data wprowadzenia do oferty: 19 września 2016


Aby zobaczyć listę ośrodków, w których dostępne są konkretne wersje aplikacji, musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

MOLPRO jest pakietem kwantowo-chemicznych, oferującym możliwość prowadzenia obliczeń z wykorzystaniem szerokiego zakresu metod teoretycznych, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych ab initio.

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Møller-Plesset
  • zaimplementowane metody do analizy oddziaływań międzycząsteczkowych (SAPT oraz SAPT-DFT)
  • zaimplementowane techniki obliczeniowe typu density-fitting (DF-HF, DF-KS, DF-LMP2, gradienty DF-LMP2, DF-LCCSD(T), DF-MP2-F12, DF-DFT-SAPT,  oraz GIAO-DF-HF NMR)
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, oraz inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

 

Skrypty obliczeniowe

SLURM

    
#!/bin/env bash
##### Amount of nodes requested by job
#SBATCH --nodes=1
##### Amount of tasks per node
#SBATCH --ntasks-per-node=1
##### Amount of CPUS per MPI task
#SBATCH --cpus-per-task=4
##### Wall time requested by job
#SBATCH --time=5
##### User mail for notification
#SBATCH --mail-type=END,FAIL,TIME_LIMIT_80
#SBATCH --mail-user=<user's mail>
##### Max amount of RAM requested by job per node
#SBATCH --mem=10gb
##### Partition name #SBATCH -p plgrid
##### Name of job in queuing system
#SBATCH -J nazwa_zadania
##### Name of computational grant used
#SBATCH -A <user's computational grant>

# Set environment for Molpro version 2015.1.11
module add plgrid/apps/molpro/2015.1.11

# Commands to start computations
molpro -d $SCRATCHDIR -W $SLURM_SUBMIT_DIR/wfu --single-helper-server input.inp
  

Skrypt ten na podstawie ustawień parametrów "--ntasks-per-node=" oraz --cpus-per-task= ustawiamy odpowiednio ilośc procesów MPI na węźle (każdy z nich może użyć całość pamięci RAM deklarowanej w pliku wejściowym Molpro - input.inp - parametrem "memory,xx") oraz ilość wątków OpenMP per proces MPI.

Zalecane ustawienia:

  • należy wykorzystywać "--single-helper-server"
  • umieszczać jak najwięcej procesów MPI na węzeł "--ntasks-per-node=" nawet kosztem niepełnego I/O podczas liczenia wzbudzeń potrójnych.
  • resztę rdzeni na węźle wykorzystywać poprzez wątki OpenMP "--cpus-per-task="
  • parametrem "-d" ustawiać szybki zasób dyskowy scratch (w przypadku klastra Prometheus poprzez zmienną $SCRATCHDIR)

Status monitoringu

Aby zobaczyć wyniki monitorowania aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Moduły domyślne w ścieżkach

Aby zobaczyć listę domyślnych modułów aplikacji w poszczególnych ośrodkach musisz się zalogować.
Jeśli nie masz jeszcze konta, odwiedź stronę https://portal.plgrid.pl.

Zaloguj się

Przypadki użycia

Brak przypadków użycia

Ostatnie wiadomości

Brak wiadomości do wyświetlenia!