Zgadzam się Nasza strona zapisuje niewielkie pliki tekstowe, nazywane ciasteczkami (ang. cookies) na Twoim urządzeniu w celu lepszego dostosowania treści oraz dla celów statystycznych. Możesz wyłączyć możliwość ich zapisu, zmieniając ustawienia Twojej przeglądarki. Korzystanie z naszej strony bez zmiany ustawień oznacza zgodę na przechowywanie cookies w Twoim urządzeniu.
RMBlast is a RepeatMasker compatible version of the standard NCBI BLAST suite.
Status: Aplikacja dostępna w ofercie, bez kontroli poprawności działania – nietestowana. Aplikacja ma przydzielonego opiekuna.
Nazwa modułu: plgrid/apps/ncbi-rmblastn
Stan aplikacji: Dostępna
Testowana: Nie
Data wprowadzenia do oferty: 1 grudnia 2014
Dziedziny: Sekwencjonowanie DNA
Adres strony: http://www.repeatmasker.org/RMBlast.html
Opiekun: Tak
| Wersja | Szczegóły | Status |
|---|---|---|
| 2.2.28 | Moduł: plgrid/apps/ncbi-rmblastn/2.2.28 |
RMBlast is a RepeatMasker compatible version of the standard NCBI BLAST suite. The primary difference between this distribution and the NCBI distribution is the addition of a new program "rmblastn" for use with RepeatMasker and RepeatModeler. RMBlast supports RepeatMasker searches by adding a few necessary features to the stock NCBI blastn program. These include: Support for custom matrices ( without KA-Statistics ). Support for cross_match-like complexity adjusted scoring. Cross_match is Phil Green's seeded smith-waterman search algorithm. Support for cross_match-like masklevel filtering.